प्रणाली राठौड़ अपनी पर्सनल लाइफ को लेकर भी सुर्खियां बटोरती हैं। दरअसल प्रणाली का नाम "ये रिश्ता क्या कहलाता है" शो में अभिमन्यु का किरदार निभा रहे अभिनेता हर्षद चोपड़ा संग जोड़ा जाता है। दोनों की ऑनस्क्रीन केमिस्ट्री पर तो दर्शक फिदा ही हैं, लेकिन साथ ही इन दोनों की ऑफ केमिस्ट्री भी बेहद खास है, दोनों एक-दूसरे के साथ खास बॉन्डिंग साझा करते हैं। ऐसे में अधिकतर ही यह कयास लगने लगते हैं कि दोनों के बीच रियल लाइफ में भी कुछ चल रहा है।